依据进口食品安全风险高低实施不同抽查比例检查，包括常规抽样检查和精密检查两类，总体抽样比例在20%左右。对于风险较低的食品（如同一厂家生产的同一种食品，且有以往进口检测合格记录）实施常规抽样检查，检查费用由韩国官方负担。在某些情况下，如：KFDA已通过预先注册确认进口食品安全性的，或者进口食品已经过KFDA认可的国内外检验机构检测并已向KFDA提交检测结果的，KFDA则可以免除部分或全部检验。  

对于新鲜水果、新鲜蔬菜等产品，根据《食品卫生法施行规则》第11.2条规定，KFDA可以提前签发进口证书，以便进口商在实验室检测完成之前办理通过手续。但进口商必须掌握该产品的销售途径，以便在实验室检测结果显示不合格时能够予以召回。  

一旦发现违规，韩国则将实施抽样比例在20%—100%的精密检查。检查范围可以是同一违规厂家生产的同类产品，也可能是同一厂家生产的所有相关产品，或者是其他企业生产的同类产品。精密检查周期一般为1年，检查费用由进口商承担。